医疗设备中所使用的大多数医疗和外科设备都是由耐热材料制成的，因此需要加热，主要是蒸汽消毒。然而，自1950年以来，需要低温灭菌的材料(如塑料)制成的医疗设备和仪器有所增加。环氧乙烷自20世纪50年代以来一直被用于热敏和湿敏医疗设备。在过去的15年里，一些新的低温杀菌系统(如过氧化氢气体等离子体、过乙酸浸泡、臭氧)已经被开发出来，并被用于医疗设备的消毒。
灭菌可以消灭物品表面或液体中的所有微生物，以防止与使用该物品有关的疾病传播。虽然使用未经充分消毒的关键物品是传播病原体的高风险，但记录在案的与未充分消毒的关键物品有关的病原体传播极为罕见。这可能是由于卫生保健设备中使用的灭菌过程具有广泛的安全性。什么是“无菌”的概念是用每一项灭菌的无菌概率来衡量的。这一概率通常被称为产品的无菌保证水平(SAL)，定义为产品灭菌后单个活菌发生的概率。
与无菌的身体组织或液体接触的医疗设备被认为是很重要的。这些物品在使用时应消毒，因为任何微生物污染都可能导致疾病传播。这些项目包括手术器械、活检钳和植入的医疗设备。如果这些物品是耐热的，建议的灭菌过程是蒸汽灭菌，因为它的可靠性、一致性和致死率是最大的安全保证。然而，对热和湿度敏感的物品的再处理需要使用低温灭菌技术(如环氧乙烷、过氧化氢气体等)。
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